Птеродактили были небольшими короткохвостыми птерозаврами с маленьким туловищем и крупной головой относительно тела.
Для птеродактилей характерен удлиненный легкий череп с крупным клювом, в котором находилось около 90 узких зубов конической формы. Крупные зубы росли в передней части клюва и по мере углубления в пасть размер зубов уменьшался.
У птеродактилей было острое зрение, поэтому он чётко видел с большой высоты, и развитый мозжечок, отвечающий за координацию движений.
На голове динозавра располагался развитый гребень, проходящий между задними кромками глаз к затылку. Гребень выполнял демонстрационную функцию и использовался в брачных играх для привлечения партнера.
Скелет и череп динозавра содержали воздушные полости, снижающие массу костной ткани.
Шейные позвонки были вытянутые, без шейных рёбер поддерживали длинную шею. На широкой грудной клетке динозавра располагался высокий киль. Лопатки длинные и узкие, тазовые кости срослись.
Передние конечности динозавра очень длинные по отношению к телу и заканчивались четырьмя пальцами. На самом длинном крепилась мембрана (перепонка) крыла. Перепончатые крылья птеродактиля тянулись через боковые поверхности туловища до задних конечностей. Размах крыльев птеродактиля составлял 1.04 метра.
Крылья птеродактиля образовывала кожно-мышечная мембрана, поддерживаемая коллагеновыми волокнами, а снаружи — кератиновыми гребнями, напоминающих перьевые стержни птиц или пальцы летучих мышей. Жесткий каркас фиксировал форму крыльев и уменьшал их износ. По своей структуре крылья птеродактилей напоминали кожисто – перепончатые конечности летучих мышей.
Тело птеродактиля было покрыто короткой шерстью, защищающей от переохлаждения во время полета, а крылья были гладкими.
Задние конечности короткие и трехпалые. Пальцы заканчивались когтями. Птеродактили спали как летучие мыши, верх ногами, держась когтями за ветки.